W czasie swojej misji doprowadził do przywrócenia Ordynariatu Polowego Wojska Polskiego w 1991 roku oraz przygotował całościową reorganizację kościelnych struktur administracyjnych w Polsce, która dokonała się bullą Jana Pawła II Totus Tuus Poloniae Populus, z dnia 25 marca 1992 roku.
Jej mocą erygowano osiem nowych metropolii i 13 nowych diecezji oraz rozwiązano unię personalną między archidiecezjami gnieźnieńską i warszawską. W 1996 roku Jan Paweł II utworzył również metropolię bizantyńsko-ukraińską (greckokatolicką) w Polsce, w której skład weszła Archidiecezja Przemysko-Warszawska oraz nowoutworzona Diecezja Wrocławsko-Gdańska, a wprowadzenie tych decyzji w życie zlecił nuncjuszowi apostolskiemu w Polsce.
Kolejne dopełnienie reformy strukturalnej Kościoła miało miejsce w 2004 roku i polegało na ustanowieniu dwóch nowych diecezji (bydgoskiej i świdnickiej) oraz jednej nowej metropolii (łódzkiej). Zakończenie zaś tej reformy miało miejsce 18 grudnia 2009 roku, gdy tytuł Prymasa Polski powrócił do arcybiskupów gnieźnieńskich.
Arcybiskup Józef Kowalczyk jako nuncjusz apostolski w Polsce negocjował tekst umowy konkordatowej i 28 lipca 1993 roku podpisał Konkordat między Stolicą Apostolską i Rzecząpospolitą Polską.
Arcybiskup senior Józef Kowalczyk był nuncjuszem apostolskim w Polsce 21 lat. 8 maja 2010 roku został mianowany Arcybiskupem Metropolitą Gnieźnieńskim, Prymasem Polski. Obecnie, jako emerytowany arcybiskup, mieszka w Gnieźnie.
Z okazji jubileuszu w Katedrze wystąpiła Orkiestra Filharmonii Poznańskiej pod dyrekcją Łukasza Borowicza.
która mi pokazała palcem wskazującym w poprzek swojego czoła tzn wzdłuż grzywki.
Oniemiałem z wrażenia olśniony tym pięknym gestem mówiącym o BEZPIECZNYM MIEŚCIE
TUPECIE,BEZCZELNOŚCI,BEZMYŚLNOŚCI i czynienia rzeczy karygodnych
świadczących o poziomie i przekonaniach światopoglądowych.
Akurat wracając z wycieczki niepasowałem wyglądem do niedzielnych standardów
lecz OCZYWIŚCIE ! nie zmienia to faktu że PEWNYCH LUDZI ŻLE WYGLĄDAJĄCYCH
NALEŻY SPROWOKOWAĆ a POTEM ZADZWONIĆ NA POLICJĘ !!!.
A pozatym wracając do tematu w tym przypadku JUBILEUSZU PRYMASA składam Życzenia Najlepsze
i w tym momencie stwierdzam że straciłem pamięć ,gdyż i prędzej komunikacja z Watykanem
się odbywała za pomocą jakiegoś delegowanego Prałata?
Nie pamiętam Historii Kościoła z przed 25-LAT !,