49-letni biskup Wętkowski był dotychczas wikariuszem generalnym archidiecezji. Nowy hierarcha jest rodowitym gnieźnianinem. Ukończył miejscowe drugie liceum ogólnokształcące a potem Prymasowskie Wyższe Seminarium Duchowne. Święcenia kapłańskie przyjął w roku 1988 z rąk prymasa Polski, kardynała Józefa Glempa. Rok później prymas skierował go na studia prawa kanonicznego na KUL-u.
W 1995 roku obecny biskup otrzymał tytuł doktora nauk prawnych. Po powrocie do Gniezna abp Henryk Muszyński mianował księdza Wętkowskiego rzecznikiem prasowym kurii a potem powierzył mu obowiązki kurialnego kanclerza. Tę funkcję ksiądz Krzysztof Wędkowski pełnił przez 17 lat. W 2004 roku otrzymał godność kanonika gremialnego Kapituły Prymasowskiej.
Biskup Krzysztof Wętkowski wykłada w Wyższym Seminarium Duchownym w Gnieźnie, jest także adiunktem na Wydziale Teologicznym Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu.