Prokuratura oskarżyła go m.in. o obcowanie płciowe z małoletnim i posiadanie oraz rozpowszechnianie pornografii dziecięcej. Zdaniem sądu Marek S. zmuszał jednego z uczniów do współżycia i wysyłał mu telefonem pornograficzne zdjęcia.
Wielu uczniów i nauczycieli z którymi Marek S. pracował, nie wierzyło w stawiane mu zarzuty. Jednak według sądu dowody przedstawione przez prokuraturę nie budziły wątpliwości. Marek S. po wyjściu na wolność nie będzie mógł pracować z dziećmi przez 15 lat.