O składzie organu decyduje kancelaria premiera. Poprzednia rada została odwołana na początku roku. Podczas rządów Zjednoczonej Prawicy znaleźli się w niej politycy związani z PiS: prof. Zdzisław Krasnodębski, Szymon Szynkowski vel Sęk i Arkadiusz Mularczyk. Polityczne nominacje krytycznie oceniała między innymi była wieloletnia dyrektor instytutu, prof. Anna Wolff-Powęska.
W nowej radzie Instytutu Zachodniego w Poznaniu znaleźli się także dyrektorzy niemieckich think-tanków: Michał Baranowski z German Marshall Fund oraz Agnieszka Łada-Konefał z Niemieckiego Instytutu Spraw Polskich. Ich wybór skrytykował historyk i niemcoznawca prof. Stanisław Żerko, który podkreślił w mediach społecznościowych, że członkowie organu mogą czytać przygotowywane dla polskich władz tajne materiały.