Po uzyskaniu dyplomu podjął pracę w Państwowej Szkole Ogrodnictwa w Poznaniu. Po kampanii wrześniowej powrócił w rodzinne strony. W 1940 roku, za odmowę podpisania volkslisty, został aresztowany i osadzony w obozie koncentracyjnym Dachau, następnie Sachsenhausen. Zwolniony pod koniec 1940 roku, do końca wojny pracował jako robotnik leśny w okolicach Wałbrzycha. Prof. Mańka to zasłużony profesor Akademii Rolniczej. O ojcu opowiada córka Karola Mańki pani prof. Małgorzata Mańka.