Jan Paweł II przybył do sanktuarium 6 czerwca 1999 r. i przebywał tam do 8 czerwca. Ofiarował wówczas Matce Bożej Licheńskiej jako wotum złoty różaniec z pereł i kielich z pateną. Podarował także piuskę i stułę. Apartamenty, tzw. papieżówka, są otwierane tylko w czasie rocznic związanych z życiem papieża.
W niezmienionym stanie zachowano pokój dzienny, kaplicę i sypialnię. Jedynie pomieszczenie, które pełniło w czasie pielgrzymki rolę jadalni, zostało przerobione na papieską bibliotekę. Można tam oglądać medaliony, książki, zdjęcia, programy pielgrzymek, a także dary, które papież pozostawił w Licheniu: kielich z pateną, różaniec, stułę, piuskę oraz lekcjonarz.