Według św. Jana, grób znajdował się w ogrodzie i przylegał do ściany kamieniołomu. Dlatego w kościele zaaranżowano skalne zbocze otoczone drzewami.
Franciszkanin ojciec January Grochowy mówi, że grób jest wspólnym dziełem zakonników i parafian.
Kościół w Szamotułach nawiązuje charakterem do XIII wiecznej bazyliki św. Franciszka z Asyżu w Krakowie.