Fundacja powstanie, by zachować wiedzę, dorobek i wynalazki Marka Jakubowskiego. Nauczyciel był ekspertem od edukacji osób niewidomych i niedowidzących. Był też pomysłodawcą Muzeum Tyflologicznego, w którym gromadził trzy tysiące eksponatów, poświęconych edukacji niewidomych.
W ośrodku w Owińskach z jego inicjatywy powstało także Aromatorium, czyli biblioteka zapachów. Nauczyciel był twórcą polskiej czcionki brajlowskiej, specjalnych map ściennych, gier i pomocy dydaktycznych dla niewidomych dzieci.
Fundacja imienia Marka Jakubowskiego chce też nieść pomoc tym, którzy z różnych przyczyn są zagrożeni wykluczeniem społecznym.