Jerzy Zielonka był autorem kilku tysięcy publikacji prasowych o tematyce historycznej, licznych opracowań naukowych i popularnonaukowych, książek oraz monografii. Odkrywał nieznane karty nie tylko z historii południowo - zachodniej Wielkopolski, ale także całego regionu.
Specjalizował się w problematyce historii najnowszej, głównie dziejów oręża wielkopolskiego, Powstania Wielkopolskiego oraz działalności konspiracyjnych organizacji niepodległościowych w latach 1939-1945 w Wielkopolsce oraz na ziemi kościańskiej. Ponadto organizował i współorganizował ponadto wiele konferencji o charakterze popularnonaukowym i spotkań historycznych. Współtworzył Towarzystwo Miłośników Ziemi Kościańskiej.
Jak piszą jego przyjaciele, Jerzy Zielonka był aktywny zawodowo do końca swoich dni.