Umiał gromadzić wokół siebie ludzi. Przyciągał ich swoją otwartością, odwagą i życzliwością. W stanie wojennym wspólnie z o.Tomaszem Alexiewiczem i o.Aleksandrem Hauke - Ligowskim oraz pracownikami UAM (Kazimierzem Stukinem i Łucją Łukaszewicz) powołał przy klasztorze Dominikanów Ośrodek Pomocy dla Represjonowanych Politycznie. Głosił płomienne, patriotyczne kazania, odprawiał msze w intencji ojczyzny,msze rocznicowe (3 maja, 11 listopada), przekazywał podziemiu powielacze i farby drukarskie, które docierały do klasztoru razem z darami. Organizował konspiracyjne spotkania. Klasztor stał się centrum życia opozycyjnego.
Niestety SB miało swoich informatorów. W artykule Leszka Zygnera zatytułowanym „Ojcowie Honoriusz Kowalczyk i Tomasz Alexiewicz - duszpasterze młodzieży akademickiej„ czytamy: „Zastępca komendanta wojewódzkiego MO ds. Służby Bezpieczeństwa płk Zenon Daroszewski w planie działań poznańskiej SB zmierzających do rozpracowania i likwidacji struktur Solidarności z 11 sierpnia 1982 r. stwierdził, że bezsprzecznie największą rolę w działalności podziemia (….) spełniają o.Dominikanie i zakonnicy o.Tomasz i o.Honoriusz. Wymienieni zajmują się również materialną i duchową pomocą internowanym, skazanym i ich rodzinom.”
Ojciec Honoriusz zapłacił za swoją działalność najwyższą cenę. W dniu 17 kwietnia 1983 r doszło do wypadku samochodowego w Wylatowie. Do dziś nie wyjaśniono jego okoliczności. Na skutek tego zdarzenia o.Honoriusz zmarł w dniu 8 maja 1983r.
Od 37 lat Fundacja Ojca Honoriusza, jego wychowankowie i przyjaciele, organizuje spotkania związane z tragiczną rocznicą. Wydaje się jednak, że tegoroczne plany (wyjazd autobusem do Wylatowa (25 kwietnia), msze święte, modlitwa przy grobie (8 maja) i spotkanie panelowe u oo.Dominikanów, z udziałem przedstawicieli różnych środowisk, mogą nie dojść do skutku.
Natomiast 11 czerwca przypada Dzień Patrona szkoły w Duczyminie koło Przasnysza. Duczymin to miejscowość, w której o.Honoriusz- Stanisław Kowalczyk przyszedł na świat. Mieszkańcy wsi pamiętają o nim i to jego wybrali na patrona szkoły. Fundacja zaplanowała w czerwcu wypłacenie dwóch stypendiów uczniom z Duczymina. Tak jak za życia o.Honoriusz pomagał ludziom tak po śmierci Fundacja jego imienia, wspiera finansowo niezamożną młodzież. Zrobiła już dużo dobrego. Prowadzą ją skromni, oddani sprawie ludzie.
1% podatku KRS 0000038375
Fundacja im.O.Honoriusza Kowalczyka
61-716 Poznań ul.Kosciuszki 99