W latach 80. współorganizował zbiórki książek i czasopism dla Polaków na Litwie. W 1980 roku był doradcą Zarządu Regionu NSZZ "Solidarność". Razem z Janem Turskim jako pierwszy (będąc adwokatem) odwiedził internowanych w Gębarzewie. Później bronił wielu oskarżonych w procesach politycznych.
Poznań żegna dziś także Andrzeja Mariana Nowakowskiego. Wybitny ortopeda odszedł w wieku 73 lat.
Człowiek Solidarności, niezawodny przyjaciel
- napisał o nim Lech Dymarski.
Andrzej Marian Nowakowski przewodniczył Solidarności w Państwowym Szpitalu Klinicznym nr 4 w Poznaniu. Działał w solidarnościowym podziemiu, udzielał pomocy finansowej i medycznej wielu ludziom związanym z niezależnym związkiem, zdelegalizowanym przez komunistów po wprowadzeniu stanu wojennego. Wspierał rodziny internowanych i aresztowanych.