Faktury KSeF można wystawiać zarówno przy użyciu bezpłatnych narzędzi udostępnionych przez Ministerstwo Finansów, jak i programów komercyjnych. Dla czynnych podatników VAT używanie systemu stanie się obowiązkowe od 1 lipca 2024 r. Podmioty zwolnione z VAT zostaną objęte tym obowiązkiem pół roku później.
W KSeF można wystawić wyłącznie fakturę ustrukturyzowaną, czyli fakturę w formacie xml, zgodną ze strukturą logiczną opublikowaną w Centralnym Repozytorium Wzorów Dokumentów Elektronicznych na platformie ePUAP. Każda faktura przesłana do KSeF musi być zgodna z tą strukturą. Jeśli nie będzie zgodna, bo np. nie wszystkie wymagane pola zostaną wypełnione, to system ją odrzuci. Innym możliwym powodem odrzucenia faktury przez KSeF jest jej przesłanie przez nieuprawnioną osobę. System w żaden sposób nie weryfikuje natomiast danych umieszczonych w dokumencie.
Dostęp do systemu KSeF wymaga uwierzytelnienia i autoryzacji. Przedsiębiorcom przysługują pierwotne (właścicielskie) uprawnienia do korzystania z systemu w pełnym zakresie. Przedsiębiorca będący osobą fizyczną może bez dodatkowych formalności korzystać z systemu, autoryzując się podpisem zaufanym lub kwalifikowanym podpisem elektronicznym. Podatnicy, którzy nie są osobami fizycznymi, posługują się elektroniczną pieczęcią kwalifikowaną zawierającą NIP lub wskazują osobę fizyczną uprawnioną do korzystania z KSeF.
Uprawnione osoby po zalogowaniu mogą przeglądać, wystawiać i odbierać faktury ustrukturyzowane. Wystawioną fakturę wysyła się do systemu KSeF, który nadaje jej unikalny numer. Takiej faktury nie trzeba już dodatkowo przesyłać nabywcy. Dokument będzie dla niego udostępniony w systemie KSeF.
Od października do grudnia 2021 roku prowadzony był pilotaż z udziałem podatników. Środowisko testowe KSeF jest nadal dostępne i można z niego korzystać, by dostosować systemy informatyczne w firmie do tego standardu.
Od początku 2022 r. KSeF działa jako rozwiązanie dobrowolne. To oznacza, że możliwe jest wystawianie faktur ustrukturyzowanych w KSeF, jednak są one tylko jedną z kilku dopuszczalnych form dokumentowania transakcji. Równolegle w obrocie gospodarczym funkcjonują faktury papierowe i faktury elektroniczne. Dodatkowo nabywca musi wyrazić zgodę na otrzymywanie faktur KSeF. Jeśli tego nie zrobi, faktury należy mu dostarczać w inny, uzgodniony między stronami sposób.
Od lipca 2024 r. wystawianie faktur w systemie KSeF stanie się obowiązkowe dla aktywnych podatników VAT, zaś pół roku później - także dla podmiotów zwolnionych z VAT. Od obowiązku korzystania z KSeF przewidziano wyjątki. Poza tym systemem nadal będzie można wystawiać m.in. faktury dla konsumentów (B2C) czy bilety spełniające funkcję faktury, w tym paragony potwierdzające wniesienie opłaty za przejazd autostradą. Dodatkowo od 2025 r. wprowadzone zostaną kary za nieprzestrzeganie obowiązku wystawiania faktur w KSeF.
KSeF nie wprowadza żadnych dodatkowych obowiązków dotyczących danych na fakturze. Jednak sam sposób, w jaki system został zorganizowany, ma pewne praktyczne konsekwencje dla przedsiębiorców:
Sens traci spotykana dziś praktyka dostosowywania daty na fakturze do potrzeb kontrahentów. W KSeF datą wystawienia faktury, a równocześnie datą jej otrzymania przez nabywcę, będzie data jej skutecznego wprowadzenia do KSeF - niezależnie od tego, jaka data zostanie wpisana w treści dokumentu.
Faktury wystawionej w KSeF nie trzeba przesyłać nabywcy. Dokument jest mu automatycznie udostępniany przez system, a faktura jest uważana za otrzymaną nawet wtedy, gdy nabywca się z nią nie zapoznał (choć w okresie dobrowolnego korzystanie z KSeF wymagana jest zgoda na taką formę odbioru faktur).
Do faktury KSeF nie da się dołączyć załącznika. W jej treści można jedynie umieścić link do dodatkowego dokumentu, np. do protokołu odbioru, lub przesłać taki dokument niezależnie od faktury.
KSeF całkowicie zmienia zasady dokonywania korekt faktur z błędnym numerem NIP. W takiej sytuacji w KSeF należy wyzerować błędny dokument i wystawić nowy, już z poprawnymi danymi nabywcy. Równocześnie wprowadzenie KSeF upraszcza dokonywanie korekt faktury in minus, zmniejszając wymogi związane z ich dokumentowaniem.
Zachętą do korzystania z KSeF jest skrócony termin zwrotu podatku VAT. Firmom, które w okresie dobrowolności KSeF zdecydują się korzystać wyłącznie z faktur ustrukturyzowanych, urząd skarbowy będzie zwracał podatek w skróconym terminie 40 dni zamiast standardowych 60 dni. Gdy korzystanie z KSeF stanie się obligatoryjne, standardowy termin zostanie skrócony do 40 dni.